Медико-фармацевтический колледж образован в сентябре 1924 года и был открыт как Томская фармацевтическая школа на средства Губернского отдела профессионально-технического образования. Первым директором Томской фармацевтической школы стал Вячеслав Антонинович Шишов - инициатор фармацевтического образования в Сибири и на Дальнем Востоке. Первый набор составил 100 человек, первый выпуск специалистов состоялся в 1927 году. В начальные годы работы фармшколы занятия в основном проводили преподаватели Томского государственного университета и технологического института. В разные годы колледж имел различные названия. В годы Великой Отечественной войны он был Томской фармацевтической школой. Несмотря на военное время, колледж продолжал функционировать как образовательное учреждение, многие преподаватели и учащиеся отправились на фронт. Более 125 выпускников колледжа с достоинством служили Родине. В 1954 году Томская фармацевтическая школа была переименована в фармацевтическое училище, а с 1993 года в медико-фармацевтический колледж. C первого января 2012 года медико-фармацевтический колледж, включен в состав ФГБОУ ВО СибГМУ Минздрава России в качестве структурного подразделения. В 1981 году в училище было открыто отделение Сестринское дело, в 1984 году - отделение Лабораторная диагностика, в 1994 – состоялся первый набор студентов с ограниченными возможностями по зрению на специальность «Сестринское дело» с присвоением квалификации медицинская сестра по массажу.